CAPACITÉS développe une enzyme pour la biotech DNA Script

Les experts de CAPACITÉS ont tout d’abord effectué une modélisation informatique pour déterminer quels étaient les acides aminés à modifier pour que l’enzyme accepte le substrat fluorescent. Suite à cela, plusieurs stratégies d’évolution dirigée ont été proposées à DNA Script, et deux d’entre elles ont été testées.
La première stratégie consiste à obtenir une grande variété de l’enzyme par mutagénèse aléatoire. La seconde consiste à faire une évolution dirigée, les experts choisissant alors de ne muter que quelques positions en quelques acides aminés. En combinant ces deux techniques, deux banques de variants bactériens ont été créées.

Elles répertorient au total plus d’1 million de clones différents.
Une technique à haut-débit « FACS-FRET » a ensuite été mise au point pour identifier le bon clone parmi tous les candidats générés. Cette méthode permet d’effectuer le tri cellulaire à une vitesse de 7 500 clones/seconde et de repérer dans un délai court les bactéries qui expriment l’enzyme d’intérêt.
Une fois les clones intéressants triés et isolés, la dernière étape a consisté à cultiver ces bactéries pour vérifier que les enzymes modifiées présentaient bien la particularité d’accepter la molécule fluorescente.

Pour mener à bien ce projet, les équipes CAPACITÉS SAS ont bénéficié de l’appui et des moyens techniques du laboratoire US2B (Unité en Sciences Biologiques et Biotechnologies), UMR de Nantes Université et du CNRS.