Avec CAPACITÉS, les laboratoires US2B et CEISAM lancent une offre commune associant enzymologie et glycochimie

Les laboratoires US2B (Unité en Sciences Biologiques et Biotechnologies)(1) et CEISAM (Chimie Et Interdisciplinarité, Synthèse, Analyse, Modélisation)(2) associent leurs expertises en enzymologie et glycochimie au sein d’une nouvelle offre, construite et mise en œuvre avec CAPACITÉS, la filiale d’ingénierie et de valorisation de la recherche de l’Université de Nantes. Ce rapprochement renforce la capacité des trois acteurs à mener des projets d’ingénierie basés sur les glycotechnologies et intéressant tout particulièrement les secteurs de la santé, de la cosmétique et de la nutraceutique.

L’alliance stratégique entre les deux laboratoires est le fruit d’une collaboration de longue date. « US2B et CEISAM sont tout à fait complémentaires. Ce rapprochement n’a rien d’artificiel. Nos chemins convergeaient depuis un moment » remarque Cyrille Grandjean, DR CNRS et directeur adjoint de l’US2B(1). De fait, les deux laboratoires (l’équipe ingénierie moléculaire et glycobiologie du côté de l’US2B et l’équipe CORAIL au sein du CEISAM(2)) couvrent à eux deux de nombreuses expertises qu’ils appliquent au domaine des glycosciences : biochimie, biologie moléculaire, enzymologie, biologie synthétique, synthèse organique et chimio-enzymatique, bioconjugaison, modélisation moléculaire… Depuis de nombreuses années, ils entretiennent donc une collaboration suivie, mutualisant leur savoir-faire sur certains projets.

La transversalité entre les équipes est aujourd’hui renforcée par la création de l’offre Enzymologie-Glycochimie, lancée avec CAPACITÉS en janvier 2021. « Nous pouvons à présent proposer une offre complète dans les glycosciences » souligne Sébastien Gouin, DR CNRS et responsable de l’équipe Corail au sein du CEISAM.

Une offre associant ingénieurs et scientifiques des deux laboratoires

Au plan opérationnel, la nouvelle offre est portée par CAPACITÉS, dont le métier est de développer de nouveaux partenariats industriels et de mettre en œuvre des projets d’ingénierie pluridisciplinaires et innovants.

Cette offre d’ingénierie s’appuie sur un nouveau collectif associant deux ingénieurs – Dimitri Alvarez Dorta, docteur en chimie organique et Thomas Bessonnet, docteur ès sciences de la vie et de la santé – à des scientifiques issus des deux laboratoires : Sébastien Gouin et David Deniaud pour le CEISAM, Pierre Weigel et Cyrille Grandjean pour l’US2B. « Nous échangerons très régulièrement pour partager l’avancée des projets dans chaque laboratoire et bien identifier les synergies » explique Sébastien Gouin.

Une proposition complète dans les glycosciences

En matière d’ingénierie enzymatique, les compétences du collectif couvrent la production de protéines recombinantes, l’optimisation des procédés, la caractérisation et la synthèse enzymatique. Parmi les partenariats de référence, on peut notamment citer la biotech DNA Script pour laquelle l’équipe a réalisé le sourcing, la modélisation et le criblage haut débit d’enzymes de synthèse d’ADN.

S’agissant de la glycochimie, les compétences portent sur la fonctionnalisation des sucres et peuvent s’appliquer à la bioconjugaison de protéines, la mise au point d’inhibiteurs, la solubilisation et l’encapsulation de principes actifs. Parmi les sujets de prédilection, citons la synthèse et l’étude d’inhibiteurs de protéines interagissant avec les sucres (lectines et glycosidases) dont l’équipe possède une expertise rare.

En associant des compétences en synthèse, modélisation et caractérisation moléculaire, à une expertise en fonctionnalisation des protéines, cette nouvelle équipe CAPACITÉS est capable de proposer des solutions à très forte valeur ajoutée aux secteurs de la santé, de la cosmétique et de la nutraceutique : secteurs en forte demande d’innovations. Alors que CAPACITÉS commence tout juste à proposer cette offre en glycosciences et glycotechnologies appliquées, l’intérêt des partenaires potentiels semble se confirmer : les premiers projets sont en discussion.

Retrouvez plus d’infos sur notre offre Enzymologie-glycochimie.

(1) UMR CNRS 6286
(2) UMR CRNS 6230

Avec CAPACITÉS, les laboratoires US2B et CEISAM lancent une offre commune associant enzymologie et glycochimie

L’intelligence artificielle est en passe de bouleverser tous les secteurs. Or, à l’ère du Big Data et du Deep learning, l’opacité des algorithmes soulève encore des débats. Pour des secteurs sensibles tels que la santé, le droit ou la finance, l’Homme doit pouvoir comprendre et garder la maîtrise tout au long du processus de décision. Une IA répond à ce besoin de transparence : les réseaux bayésiens. Une technologie que maîtrisent les experts en data science CAPACITÉS.

Entretien avec deux experts de CAPACITÉS : le Pr. Philippe Leray, chercheur au laboratoire LS2N, et Pierre-Hugues Joalland, ingénieur en data science-IA.

En résumé

Mots Clés :

IA de confianceRéseaux bayésiensMODÉLISATION PROBABILISTEANALYSE PRÉDICTIVE PROCESS MININGMODÈLES DE RECOMMANDATION

La question de la confiance est récurrente lorsque l’on parle d’intelligence artificielle. Pourquoi questionne-t-on autant la crédibilité et la fiabilité de l’IA ?

P. Leray Ces dernières années, le Deep learning s’est révélé comme un type d’algorithmes d’apprentissage hyper performant, lorsqu’il dispose d’une grande quantité de données. Mais, dans un monde ouvert, le fait de ne s’appuyer que sur des données ne permet pas d’obtenir des outils automatiques parfaits, juste des outils qui vont reproduire parfaitement ce que nous faisons, erreurs comprises… Il n’y a qu’à voir le chatbot de Microsoft Tay, qui était conçu pour discuter de tout et de rien avec les utilisateurs, en se servant des phrases des utilisateurs pour s’améliorer. Ce chatbot a très vite reproduit l’attitude d’un néo-nazi machiste, à l’image des utilisateurs qui s’étaient « amusés » avec cette IA.

Au niveau éthique, ces interrogations sont encore plus marquées lorsque l’on utilise l’IA pour nous accompagner dans des prises de décision qui ont de lourdes conséquences, telles qu’un traitement médical ou une décision de justice. A-t-on envie en tant qu’usager de faire confiance à des IA boîtes noires ? Nous pouvons expliquer pourquoi nous avons fait tel ou tel choix et, dans certains cadres légaux, nous en avons même le devoir. L’IA devrait être capable de faire la même chose.

À quelles conditions l’expert pourrait-il avoir confiance dans des systèmes basés sur l’IA ?

P. Leray Je travaille depuis plus de 20 ans sur une famille de modèles graphiques probabilistes qui répond à cet enjeu de confiance : les réseaux bayésiens. Il s’agit d’un outil graphique de représentation des connaissances, par définition interprétable. Un expert peut porter un regard métier sur ce qui a été appris par le modèle graphique sous l’angle statistique, et donner du sens à la représentation qu’il lui donne.

Pouvez-vous nous en dire plus sur ce modèle d’IA ? Comment fonctionne-t-il ?

P.H. Joalland Les réseaux bayésiens sont des modèles graphiques probabilistes. Ils formalisent les connaissances sous une forme très riche.

La partie graphique permet de décrire des connaissances. Prenons un exemple, absurde mais parlant : il pleut, il est possible que je glisse. Grâce à la partie probabiliste du modèle, je vais pouvoir décrire des incertitudes. Je reprends l’exemple de la glissade sous la pluie : on va décrire le fait je ne glisse pas systématiquement quand il pleut, mais que j’ai aussi peu de risque de glisser s’il ne pleut pas.

Pour cela, je créé des dépendances entre des événements, c’est-à-dire un lien qui affirme pluie = glissade. Ensuite, je créé une probabilité conditionnelle sur l’événement glissade. Le modèle ainsi construit me permet de gérer beaucoup d’incertitudes. Je vais ainsi pouvoir poser des questions incluant de l’incertain, du type – et ce sera mon dernier exemple pluvieux – si la météo annonce de la pluie dans les prochains jours, mais avec une certaine probabilité, quels sont les risques que je glisse finalement ?

Pour quelles applications, cette gestion des incertitudes peut-elle être utile ?

P. Leray Les réseaux bayésiens sont des modèles qui permettent de représenter des connaissances, et que l’on peut interroger « dans tous les sens » : nous pouvons aussi bien partir d’une observation que d’un événement. À ce titre, on utilise souvent les réseaux bayésiens pour modéliser des systèmes complexes, car ils permettent à la fois de faire de la prédiction, de la recommandation, et du diagnostic, en fonction du système modélisé et des questions qui sont posées au modèle. Pour vous donner quelques exemples, cela peut servir dans le diagnostic médical : vous connaissez des symptômes et vous allez interroger la maladie. Ou pour faire du service après-vente : vous savez qu’un système est cassé et vous recherchez la cause du problème.

De quelles données ont besoin les réseaux bayésiens ?

P.H. Joalland Les réseaux bayésiens peuvent être mis en œuvre même lorsqu’on dispose de peu de données, voire aucune. Les connaissances devront alors provenir d’experts, avec qui il faudra travailler pour les formaliser, reproduire leur raisonnement, probabiliser les relations de causes à effets et ainsi produire un modèle graphique explicite.

Concrètement, comment exploitez-vous les données pour établir des prédictions grâce aux réseaux bayésiens ?

P.H. Joalland Il y a trois cas de figure. S’il n’y a pas de données disponibles, nous échangeons avec un expert et nous représentons son raisonnement sous forme graphique. Si nous avons accès à un peu plus de données, nous aurons là encore besoin du regard de l’expert pour identifier les dépendances entre les événements, mais les probabilités seront estimées à partir des données. Enfin, si nous avons beaucoup de données, nous pourrons utiliser des approches automatiques qui trouveront d’elles-mêmes les dépendances entre les événements et les probabilités.

Quelle confiance l’expert peut-il accorder aux résultats obtenus ?

P.H. Joalland Pour s’assurer de la validité d’un modèle, nous produisons des observations fictives et nous les confrontons aux observations attendues. En somme, nous vérifions que le modèle parvient au même résultat que l’expert. Dans le cas où l’adéquation n’est pas satisfaisante, les écarts constatés restent précieux, parce qu’ils seront pris en compte à l’occasion d’un réapprentissage, de sorte à finalement converger vers un modèle amélioré. L’utilisateur peut alors avoir confiance dans le modèle qu’il a « co-construit » avec notre équipe.

Les réseaux bayésiens semblent particulièrement adaptés à des domaines sensibles pour lesquels le risque d’erreur est intolérable. Avez-vous déjà travaillé pour de tels secteurs, la santé ou la sécurité par exemple ?

P.H. Joalland Dans le domaine médical, nous avons récemment développé avec le Pr. Bonnot, psychiatre au CHU de Nantes, un moteur d’intelligence artificielle destiné à prévenir la récidive des tentatives de suicide. Le moteur reproduit fidèlement le raisonnement du médecin, qui peut vérifier à tout moment la pertinence des réponses apportées. Le système abouti aux mêmes résultats que le psychiatre, qui peut donc l’utiliser en confiance.

Autre exemple, dans le domaine de la sécurité urbaine, nous avons travaillé pour un éditeur de logiciel, pour lequel nous avons modélisé l’interdépendance entre une grande variété d’événements tels que des manifestations ou des embouteillages. Pour cela, nous avons construit une architecture générique, que des experts métiers peuvent eux-mêmes instancier d’après leurs connaissances. Sur cette base, nous avons déployé un réseau bayésien relationnel décrivant toutes les interdépendances entre événements. Cet outil prédictif calcule les probabilités qu’un événement se produise, en fonction des événements passés. Les experts gardent la main sur le modèle et peuvent l’exploiter en confiance pour de multiples applications.

Ces exemples illustrent bien le double enjeu auquel répondent les réseaux bayésiens : construire un modèle d’IA à partir de peu voire pas du tout de données ; et conserver la maîtrise du raisonnement, de façon à l’utiliser en toute confiance. L’expert est au cœur de la construction du modèle, développé à partir de ses connaissances métier. Cette co-construction favorise son acceptabilité par les spécialistes comme par les utilisateurs. Aussi, les champs d’application de cette IA « boîte blanche » sont nombreux. Cependant, elle s’avère particulièrement pertinente pour des secteurs pour lesquels le risque d’erreur est inadmissible, tels que la santé, la sécurité, le droit ou encore la finance. Pour en savoir plus sur notre expertise en réseaux bayésiens, découvrez notre page dédiée à la data science et à l’IA ou contactez-nous directement.

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Les Chantiers de l’Atlantique développent depuis plusieurs années une voile rigide. Elle propulsera le navire de croisière Silenseas, le futur plus grand paquebot à voile du monde. En 2019, les experts en génie mécanique de CAPACITÉS avaient instrumenté Solid Sail 2.0, dans le cadre de la seconde phase de test de cette voile du futur. A partir de décembre 2020, ils réaliseront des essais mécaniques sur la prochaine version de Solid Sail.

100% composite, vaste de 1200 m2, une longévité quasi infinie… Solid Sail est gigantesque sur tous les plans. Cette voile rigide de très haute technologie propulsera le paquebot à voile à trois-mâts Silenseas, long de 210 mètres. A terme, cette innovation pourrait être déployée sur d’autres voiliers géants, des vraquiers, des porte-conteneurs et des pétroliers.

Solid Sail 2.0 : instrumentation sur-mesure du mât et de la voile à échelle 1/5

Fin 2019, un démonstrateur à échelle 1/5 avait été installé sur le port de Pornichet, de façon à tester le mât et la voile en conditions extérieures durant plusieurs mois. Les experts CAPACITÉS avaient instrumenté le mât d’une unique fibre optique de 20 m à rétrodiffusion de Rayleigh, à laquelle ils avaient ajouté des patchs de jauges de déformation. En combinant ces deux techniques, ils avaient pu analyser les efforts (torsion, traction et flexion) et la déformation du mât. Enfin, ils avaient également équipé la voile en jauges de contraintes et en capteurs de force conçus sur-mesure afin de mesurer ses sollicitations.

Les données collectées avaient alimenté les outils de simulation numérique, qui avaient permis de valider le design final de la voile Solid Sail 2.0. Le projet est à découvrir plus en détail dans l’article dédié.

Essais mécaniques sur des éprouvettes de dimensions exceptionnelles

En décembre, une nouvelle phase de tests démarre sur la nouvelle génération de voile : Solid Sail 3.0. Nos experts en génie mécanique réaliseront des essais de caractérisation à l’échelle 1 sur des lattes de 2 mètres en carbone renforcé avec une mousse conçue par l’entreprise Multiplast. Ces lattes composent le cadre de la voile. Des essais de flexion quatre points, en statique, permettront de déterminer la résistance à la rupture ainsi que le module de flexion.

Pour ce faire, nos ingénieurs développeront un banc d’essais spécifique, équipé de capteurs de force et de déplacement. Ils utiliseront un système de corrélation d’images numérique pour mesurer les champs de déplacements et de déformations.

Cette nouvelle campagne d’essais sera conduite sur le site nazairien du laboratoire GeM, qui dispose d’une halle d’essais en capacité d’accueillir des éprouvettes d’une très grande dimension.

Avec CAPACITÉS, les laboratoires US2B et CEISAM lancent une offre commune associant enzymologie et glycochimie

Dans le cadre du projet MELiSSA (Micro-Ecological Life Support Alternative), l’Agence Spatiale Européenne (ESA) a retenu QinetiQ, associé à CAPACITÉS, pour démontrer l’efficacité d’un procédé de culture et de récolte de spiruline en condition zéro gravité. Cette microalgue a le pouvoir de recycler les effluents de la station spatiale, en se nourrissant du carbone et de l’azote, pour produire de la nourriture à fort potentiel nutritionnel. 

L’ambition : créer une station spatiale autonome

Lancé en 1989, le projet MELiSSA ambitionne de transformer un vaisseau spatial en écosystème fermé, en recyclant le dioxyde de carbone et les déchets organiques pour les transformer en nourriture, en oxygène et en eau. En effet, approvisionner la station spatiale internationale ISS en oxygène, eau et aliments coûte déjà très cher et requiert beaucoup de temps. Des missions spatiales de plus longue durée vers la Lune ou Mars nécessiteraient 30 tonnes d’approvisionnement. D’où la nécessité de mettre au point un système de bio-régénération.

Le défi : cultiver et récolter de la spiruline en condition zéro gravité

La spiruline est une microalgue extrêmement intéressante d’un point de vue nutritionnel. Elle recycle l’eau dans laquelle elle pousse et produit de l’oxygène. Enfin, elle pousse jusqu’à 100 fois plus vite qu’une plante terrestre. C’est la candidate idéale pour une mission spatiale.

L’enjeu est de réussir à la cultiver et à la récolter dans l’espace, donc en condition zéro gravité. Dans ce but, nos ingénieurs en génie des bioprocédés et valorisation des microalgues vont tenter de valider un procédé axénique de culture et de récolte en continu de la spiruline, dans un photobioréacteur contrôlé développé par le laboratoire GEPEA : HECTOR. QinetiQ et CAPACITÉS étudieront plusieurs technologies de filtration, en vue de s’affranchir de la gravité pour la filtration des microalgues.

Le projet démarre en décembre 2020 et devrait durer un peu plus d’un an.

Avec CAPACITÉS, les laboratoires US2B et CEISAM lancent une offre commune associant enzymologie et glycochimie

40 000 km, 70 à 75 jours de course, parfois 24 ou 48h sans dormir, une cadence effrénée… C’est ce qui attend Armel Tripon sur le Vendée Globe 2020. Ces conditions physiques extrêmes peuvent altérer la lucidité du skipper nantais. Pour rester performant et en sécurité tout au long de la course, il a demandé au laboratoire MIP (Motricité Interaction Performance) de l’Université de Nantes et à CAPACITÉS de concevoir une application pour tracker les phénomènes hallucinatoires : LuciEole.

LuciEole, une application mobile pour prévenir les troubles hallucinatoires

Sur une course de voile en solitaire telle que le Vendée Globe, la gestion du sommeil est cruciale. Une fatigue extrême peut générer une perte de lucidité, voire des troubles hallucinatoires. Or, conserver un esprit clair et vif, capable de prendre de bonnes décisions, est primordial pour assurer la performance et la sécurité du skipper.

Pour prévenir ces moments de vulnérabilité, les équipes spécialisées en data science de CAPACITÉS et celles du laboratoire MIP (Motricité Interaction Performance) de l’Université de Nantes, soutenus par l’association Neptune, ont développé un outil d’aide à la performance : l’application LuciEole. Celle-ci pose au skipper une série d’une dizaine de questions sur son niveau de fatigue physique et mental. Il s’autoévalue, en répondant via un système de notation de 0 à 10. L’application traite les informations et analyse la dynamique d’évolution de ses indicateurs au fil des jours. Elle lui transmet ensuite le résultat de ses observations. Il sera ainsi alerté sur son état de lucidité. Il pourra comparer ses indicateurs de lucidité de jour en jour et les corréler a posteriori aux événements survenus en mer les jours précédents.

Une version bêta de l’application a été testée sur la transatlantique Vendée-Arctique-Les Sables en juillet, sorte de « répétition » quatre mois avant le Vendée Globe, qui partira le 8 novembre 2020. Grâce à cette course, l’application a été enrichie de données en situation réelle de navigation. Celles-ci ont permis de finaliser le développement des algorithmes qui délivreront à Armel des indicateurs aussi précis que possible sur le Vendée Globe.

 

Photo : Armel Tripon entouré de Francky Trichet (adjoint au maire et vice-président de l’Université) et d’Arnaud Guével (vice-président de l’Université de Nantes) © Ouest France

De la voile à l’industrie : quelles applications futures pour cette innovation ?

Le Vendée Globe n’a pas encore commencé mais les ingénieurs en data science CAPACITÉS et les chercheurs de l’Université de Nantes émettent déjà différentes propositions d’évolution de l’application, afin de booster cette innovation et d’aller plus loin dans la mesure et l’analyse. Ils envisagent par exemple de corréler les réponses au questionnaire à des données factuelles recueillies par des capteurs électrophysiologiques.

Ce type d’interface homme machine, couplé aux nouvelles technologies telles que la réalité augmentée ou les casques neuronaux, pourrait servir dans d’autres domaines d’application tels que l’industrie ou la santé. Ces interfaces permettent de prendre en compte la perception et le ressenti des individus dans l’exercice de leur métier, particulièrement en situation stressante. De nouvelles innovations à venir donc.

D’ici là, bon vent à Armel Tripon ! Les équipes CAPACITÉS sont fières d’avoir participé à ce projet

Photo : © Pierre Bouras / L’Occitane en Provence

Avec CAPACITÉS, les laboratoires US2B et CEISAM lancent une offre commune associant enzymologie et glycochimie

Le Centre de production de vecteurs – CPV du laboratoire de thérapie génique de Nantes a été labellisé par le Grand Défi « Biomédicaments » lancé par l’Etat. Au côté de 5 autres plateformes technologiques nationales, le CPV devient intégrateur industriel du Grand Défi « Biomédicaments ».

L’enjeu de ces intégrateurs : participer à des consortiums de pointe pour améliorer les rendements et maîtriser les coûts de production de nouvelles molécules biologiques.

Le label « Intégrateur industriel », qu’est-ce que c’est ?

L’Etat a lancé au printemps 2019 le Grand Défi « Biomédicaments : améliorer les rendements et maîtriser les coûts de production ». Suite à un appel à manifestation opéré en Juin 2020 par le Sécrétariat Général pour l’Investissement, six plateformes technologiques ont été sélectionnées pour devenir les intégrateurs industriels du Grand Défi, dont le CPV de Nantes pour les produits de thérapie génique à travers la bioproduction de vecteurs viraux.

Le Grand Défi Bioproduction vise à encourager la production de médicaments de thérapies innovantes, tout en améliorant les rendements et en maîtrisant les coûts de production, afin de répondre aux enjeux de l’industrie pharmaceutique et ainsi permettre l’accès des patients à ces nouveaux traitements porteurs d’espoir.

La plateforme CPV : production et caractérisation des vecteurs viraux

Créé en 1997, le centre de production de vecteurs – CPV du laboratoire de thérapie génique de Nantes UMR1089 développe des procédés de production et de caractérisation de vecteurs viraux de transfert de gènes dérivés des adénovirus et des AAV (virus adéno-associés). Ceux-ci sont destinés à des applications allant de la recherche fondamentale aux stades translationnels.

Le CPV, partenaire de CAPACITÉS

Les équipes du CPV et de CAPACITÉS collaborent sur des projets de production et caractérisation de vecteurs viraux. Ensemble, elles développent des tests analytiques à façon afin de mieux caractériser les médicaments de thérapie génique de demain. Découvrez nos projets communs en thérapie génique ci-dessous.

Pour toute question sur un partenariat avec le CPV de Nantes, intégrateur industriel du Grand Défi « Biomédicaments », contactez Oumeya Adjali et Emilie Audran.

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